Автоматически устанавливать разрешение на выполнение для загружаемых исполняемых файлов из известных источников

Вы должны:

sudo apt-get install -f mysql-workbench

Я использую в таких случаях aptitude

sudo apt-get install aptitude

, а затем:

sudo aptitude install mysql-workbench

Предложены предложения, которые помогут решить вашу проблему.