Я также нахожу это раздражающим, поскольку я использую командную строку для обновления моей системы на моем нетбуке. Один из способов заставить его отключить:
apt-get remove update-manager-core
Он также удалит ubuntu-desktop и пакеты janitor, но в моем случае (Gnome3) это не имеет никакого отношения к базовой системе. Я с помощью. Я подозреваю, что вы также можете удалить уведомитель из загрузочных приложений, но это должно сделать их видимыми для вас в первую очередь.