Diff - ваш друг.
diff -ur path1 path2
Это будет сравнивать все файлы, которые являются общими между path1 и path2.
Если вы измените -ur на -urN, тогда также покажет содержимое файлов, которые присутствуют только на одном из путей.
Чтобы остановить запуск mysql при загрузке:
sudo echo "manual" | sudo tee /etc/init/mysql.override
Чтобы остановить запуск apache2 при загрузке:
sudo update-rc.d apache2 disable 2
Всякий раз, когда вам нужно запустить mysql или apache2 все, что вам нужно
Для этого вы можете использовать
sudo apache2ctl {start|stop|restart}
, а
sudo service mysql {start|stop}
] для mysql.
вы можете использовать программы, указанные в ссылке, здесь и здесь