Используйте команду diff:
diff -u file1 file2
diff -u выбирает формат с несколькими линиями контекста. В простой diff file1 file2 перечислены только разные строки. Есть много других опций для управления выходным форматом, игнорирование различий в пробелах и т. Д.
Если вы хотите записать вывод в файл, перенаправите его:
diff -u file1 file2 >file1-file2.diff