Xubuntu 16.04. Разметка клавиатуры не выполняется

Как и другие ответили, это не имеет значения (если не указано иначе, или аргументы параметра принимают дополнительные аргументы).

Но предпочтительнее ли порядок настроек в алфавитном порядке дискутировать.

Лично я считаю, что мнемоники обеспечивают большую ценность, чем строгий алфавитный порядок. Легче запомнить набор опций, когда они образуют запоминающееся слово, например:

netstat -tan
# alphabetic is good (by chance) in this case
netstat -ant

vs:

netstat -atn
netstat -nta

Итак, если вы обнаружите, что повторяете определенную комбинацию параметров для команды, вы можете попробовать и переставить буквы в том порядке, который вам легче запомнить.