Для синхронизации iPod вы можете использовать различное программное обеспечение, в том числе следующее: Banshee Rhythmbox, установленный по умолчанию в Ubuntu Amarok, установленный по умолчанию в Kubuntu GtkPod, программа только для этой цели (вы можете получить более новая версия на официальном сайте)
Подробнее здесь: https://help.ubuntu.com/community/PortableDevices/iPod
Или вы можете запускать iTunes через Wine, но это известно если он вообще работает:
https://help.ubuntu.com/community/PortableDevices/iPod
Также вы должны установить libgpod, но в основном она установлена как зависимость вышеперечисленных программ.
EDIT:
Или попробуйте: http://www.libimobiledevice.org/, он использует [ f2] для синхронизации, поэтому я не знаю, будет ли это работать, но вы можете дать ему шанс.