Безопасно ли для двойной загрузки Kubuntu с Windows 10?

Вы не можете. Вам придется вручную скомпилировать библиотеки и сохранить их в нестандартном местоположении (поэтому они не перезаписывают 32-битные).

Вероятно, было бы проще просто установить 64-битную систему и создайте его изначально или создайте пакет debian и загрузите его на свой PPA на панели запуска и позвольте ему беспокоиться о его создании на каждой из архитектур.

См. https://wiki.ubuntu.com/UbuntuDevelopment для больше информации о упаковке и других проблемах разработки.