Вы хотите сделать пакет «Hold»
https://help.ubuntu.com/community/PinningHowto#Introduction_to_Holding_Packages
В основном вы хотите сделать что-то вроде: [ ! d3]
echo php5-common hold | dpkg --set-selections
И когда вы будете готовы обновить PHP:
echo php5-common install | dpkg --set-selections
Если вы хотите продолжать использовать обновления dotdeb, входящие в него, и оставаться в стороне от пакетов Ubuntu, вы хотите полный Apt Pinning, но это довольно сложно (см. ссылку PinningHowto выше).