Связки в JUJU

Используя perl

perl -i -pe 'tr/\r//d' <your_file>

и с find для всех файлов в вашей папке:

find <your_path> -maxdepth 1 -type f -print0 | xargs -I{} -0 perl -i -pe 'tr/\r//d' {}

find <your_path> -maxdepth 1 -type f -exec perl -i -pe 'tr/\r//d' {} \;

Пример

$ printf "%s\n%s\n" "line 1" "line 2" > foo
$ printf "%s\r\n%s\n" "line 1" "line 2" > bar

$ hexdump foo
0000000 696c 656e 3120 6c0a 6e69 2065 0a32     
000000e

$ hexdump bar
0000000 696c 656e 3120 0a0d 696c 656e 3220 000a
000000f

$ perl -i -pe 'tr/\r//d' bar

$ hexdump bar
0000000 696c 656e 3120 6c0a 6e69 2065 0a32     
000000e