После обновлений иногда наблюдается заикание, запаздывание и высокая загрузка процессора

Запуск Clonezilla в Ubuntu позволяет клонировать несмонтированные диски. Клонирование диска при его установке может и может привести к повреждению. Я не уверен, как можно клонировать, как вы упомянули в Windows, если только диск не размонтирован.