Как мне записать содержимое Live CD ISO?

Обычно ваш .bashrc запускается:

# If not running interactively, don't do anything
[ -z "$PS1" ] && return

Поскольку ваш скрипт не имеет набора PS1 (потому что он не является интерактивным), он не сбрасывает путь, потому что он выходит раньше. Чтобы продемонстрировать, измените свой скрипт:

    #!/bin/bash
    chmod a+x ~/.bashrc
    PS1='$ '
    source ~/.bashrc

теперь это позволит вашим скриптам работать с новым .bashrc. Примечание: как только ваш скрипт выйдет, env будет настроен на то, что было до начала сценария. Изменения будут отображаться при следующем запуске терминала.