В моем случае проблема была innodb_buffer_pool_instances.
Поскольку я уменьшал innodb_buffer_pool_size, он стал меньше одного 1 ГБ на экземпляр, поэтому он округлил его.
Когда я также уменьшил экземпляры, он, наконец, изменил размер пула!