Если программа закрывается в лоток, можно фактически закрыть окно программы при запуске, а не минимизировать ее. Одним из примеров такой программы является Viber. В этом случае можно использовать следующий скрипт start_closed.sh:
#!/bin/bash
# Check that there is only one input argument
if [[ $# -gt 1 ]]; then
echo "Usage: $0 <program-to-start>"
exit 1
fi
$1 & # Start program passed in first argument
pid=$! # Get PID of last started program
xdotool search --sync --pid $pid | # Wait for window with PID to appear...
xargs wmctrl -i -c # ...and close it
Использование: <path-to-script> <program-to-start>