На всякий случай кому-то все еще нужно это:)
Мне удалось перенести большой веб-сайт из виртуальной машины Linux (из командной строки SSH) на облачную службу сайта Azure DIRECTLY (через ftp) на используя клиент ncftp, как показано здесь
Наконец, не забудьте удалить ftp-клиент из вашего vm.
cheers.