Посмотрите эту страницу для инструкций по установке.
В настоящее время для Linux нет Steam или Source Engine, но в последнее время (более существенное, чем предыдущее) эта страница of клиент Steam для Linux, а также порт исходного кода.
У вас есть два варианта:
1.) Установите рабочий каталог в файле .desktop в расположение .jar
2.) Используйте полные пути в вашем Bash скрипт (как и вы)
Вы можете запустить его в качестве фоновой задачи:
#!/bin/bash
nohup java -Xmx1024M -Xms512M -cp minecraft.jar net.minecraft.LauncherFrame
(обратите внимание на nohup в начале, используемом для продолжения работы)