Как восстановить определенную папку из зашифрованной резервной копии?

Если вы только что удалили /usr/local, это не критично. Этот каталог предназначен для локальных установок (то есть пакетов, установленных вне системы управления пакетами, APT). Вам не нужно его воссоздать, программы, которые в ней нуждаются, должны установить его сами.