Какие инструменты биоинформатики и вычислительной биологии доступны?
Решение (НЕ для производства, просто для игры): 1. Получите деб файл «php5-sqlite» от ubuntu11.04 или любого другого. 2. Извлеките его и найдите файл sqlite.so. Вы можете получить sqlite.so в другим способом, например, из вашей старой системы - 3. Поместите sqlite.so в / usr / lib / php5 / 20090626 + lfs / 4. Добавьте это в php.ini (/etc/php5/apache2/php.ini):
extension=sqlite.so
3 ответа
Bio-Linux - это рабочая станция биоинформатики на базе Ubuntu.
Помимо того, что для Ubuntu существует целый ряд программ / инструментов, ориентированных на биологию, перечислены и разработаны на Bio-Linux .
-
1Если вы можете добавить следующее: distro.ibiblio.org/bio-linux/iso Я нашел, что он содержит последнюю и актуальную версию. Я думал, что ему 2 года, но я вижу, что он продолжает обновляться. – Luis Alvarado♦ 20 August 2012 в 21:11
-
2Похоже, что Bio-Linux все еще активно развивается. Он основан на LTS. Согласно этому bugs.launchpad.net/bio-linux/+bug/998144 , версия 7, основанная на Ubuntu 12.04, должна выйти в октябре. Текущая версия (6) основана на 10.04. – reverendj1 20 August 2012 в 21:21
Как я знаю, для этой цели не существует специализированного распределения.
(Существует распределение под названием Scientific Linux, которое основано на RedHat / Centos, но оно во многом развивается и нацелено на потребности физики высоких энергий (и не имеет каких-либо общих возможностей, отсутствующих на складе Ubuntu ).
Существует категория биологии (по науке / технике) с набором пакетов, хотя число специализированных научных приложений, упакованных с ubuntu, относительно невелико (и я ожидаю, что это будет также случай для других дистрибутивов, которые вы можете посмотреть). Scientific Linux перечисляет несколько, но не кажется актуальным.
Тем не менее многие научные инструменты, хотя и не в официальных репозиториях, обеспечивают совместимость с ubuntu (.deb), которые вы можете скачать (например, libSBML) или общие файлы linux (например, Copasi), или нейтрали платформы (написаны в java, python и т. д.) и, следовательно, должны работать довольно успешно в Ubuntu (например, ImageJ).
Я использую Ubuntu для работы по вычислительной биологии, хотя в основном это касается работы с инструментами общего назначения (например, R, python), а не специализированными приложениями.
-
1Очень хороший анализ. Любая мысль о дистрибутиве Debian / Ubuntu. – Luis Alvarado♦ 20 August 2012 в 21:13
-
2Честное слово, я думаю, что в специализированном дистрибутиве мало смысла. Разумеется, было бы полезно, если бы более специализированные приложения были упакованы для debian / ubuntu, но было бы гораздо более целесообразно настраивать PPA для этих приложений, а не пытаться поддерживать весь дистрибутив - Ubuntu обеспечивает совершенно хороший рабочий стол, и для меня не очевидно, что общесистемные изменения необходимы для хорошей платформы для биологии, просто устанавливаемые и проверенные инструменты для общей платформы. Тем не менее, неопределенное лицензирование большей части этого программного обеспечения может затруднить его выполнение. – chronitis 21 August 2012 в 00:14
Я вижу, что доступно несколько ремиксов Ubuntu Science, но все они, похоже, умерли. Кажется, это связано с множеством ремиксов Ubuntu, потому что они много раз не предлагают много, кроме как для автоматической установки некоторых приложений, поэтому они не получают критическую массу, необходимую разработчикам для их поддержания .
Мое предложение состояло бы в использовании твердого научного дистрибутива, такого как Scientific Linux, который используется (и разрабатывается) Fermilab, CERN и т. д. Это дистрибутив, который не является где-нибудь в ближайшее время, и имеет большую поддержку со стороны научного сообщества. К сожалению, он основан на Red Hat, поэтому он может не соответствовать вашим потребностям.
Если вам нужно использовать Ubuntu, в репозиториях доступно несколько научных приложений, просто запустите Ubuntu Software Center и просмотрите «Наука и техника» -> Биология. Я не уверен в пользе этих программ, поскольку это вне моего опыта. Если бы их было достаточно, вы могли бы создать быстрый скрипт bash, который установил их все, когда вы настроите новый компьютер.