Я обнаружил, что убийство gnome-shell работает для меня в аналогичных обстоятельствах (либо из ssh, либо с помощью ctl-alt-F1, чтобы вызвать консольную подсказку):
pkill -hup gnome-shell
Однако это исправление для симптома, а не способ решения основной причины.