Все файлы на автомонтированном разделе NTFS помечены как исполняемые

Параметр noexec не имеет ничего общего с фактическими разрешениями; он просто не позволяет ничего запускать из этого раздела:

~ $ ls -l test.sh
-rwxr-xr-x 1 jw jw 28 Aug 30 13:05 test.sh
~ $ ./test.sh
Hello world
~ $ sudo mount -o remount,noexec /home
~ $ ./test.sh
bash: ./test.sh: Permission denied
~ $ ls -l test.sh
-rwxr-xr-x 1 jw jw 28 Aug 30 13:05 test.sh

Как вы видите, как только раздел монтируется с опцией noexec, test.sh не может быть запущен; но сами разрешения не менялись.

NTFS не поддерживает исполняемый бит. Способ, которым система NTFS воспринимается системой и как устанавливаются разрешения, зависит, следовательно, только от того, как она была смонтирована. Обычно это делается с опцией mount umask. Это объясняет также, почему вы не можете изменять разрешения: нет возможности их сохранить, потому что NTFS не поддерживает их.

К сожалению, если вы установите все с помощью «неисполняемого» бита, вы не будете быть в состоянии изменить в каталоги, потому что они должны быть исполняемыми, чтобы их можно было ввести. Вы можете использовать опции dmask и fmask для установки разрешений по умолчанию отдельно для каталогов и файлов в смонтированной системе NTFS.