Если вы хотите заменить gedit на любой другой текстовый редактор для всех типов файлов, проще всего отредактировать файл defaults.list, расположенный здесь:
/usr/share/applications/defaults.list
Просто найдите и замените все gedit.desktop ссылки с вашим собственным редактором (в данном случае emacs.desktop). Для редактирования файла необходимы права root. Итак, просто сделайте:
sudo -H gedit /usr/share/applications/defaults.list
Сохраните файл, закройте его, и все будет сделано.