Для меня я удалил свой собственный файл /etc/apt/source.list (который не включает официальный источник ubuntu) и восстановил исходное значение по умолчанию. И это все!
В Ubuntu 16.04 эта последовательность должна избегать интерактивного диалога:
export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
apt-get update
apt-get upgrade -yq
Обратите внимание, что флаг -q важен.
(Ссылка: этот вопрос на дефолтах)