Когда вы делаете «make install», файлы программы копируются в систему. Эти файлы, которые вы не можете удалить, вероятно, принадлежат root. Чтобы удалить их, нажмите Alt + F2 и выполните:
gksu nautilus ~/Desktop
Это откроет окно Nautilus, откуда вы можете удалить нужную папку. Обратите внимание, что это окно Nautilus имеет корневой доступ к файлам, поэтому, когда вы удаляете то, что вам нужно, закройте его:)