Прямо сейчас, вы ничего не можете сделать. Nautilus не имеет возможности распознавать, что в одном проигрывателе есть два устройства хранения.
В качестве обходного пути вы можете перейти к настройкам nautilus и отредактировать их, чтобы не отображалось никаких подсказок. У вас есть возможность открыть медиаплеер по умолчанию, щелкнув правой кнопкой мыши значок устройства.