Попробуйте этот приятель:
rm -f /absolutepath/file1.a /absolutepath/file2.b
rm удаляет файлы и -f заставляет его (чтобы он не останавливался, спрашивая вас, хотите ли вы удалить файл). Если это не в вашем домашнем каталоге, добавьте sudo.
rm -rf /absolutepath/emptyOrNotFolder