Каков наилучший способ обеспечить соединение Teamviewer / X11 / VNC?

Ваше первое предположение верно: расширения в Linux не имеют значения и полезны только для людей (и других не-Unix-подобных ОС, которые заботятся о расширениях). Тип файла определяется первыми 32 битами данных в файле, который известен как магический номер. Поэтому для сценариев оболочки требуется строка #! - чтобы сообщить операционной системе, какой интерпретатор должен вызывать. Без него сценарий оболочки представляет собой просто текстовый файл.

Что касается файловых менеджеров, они хотят знать расширения некоторых файлов, таких как .desktop файлы, которые в основном такие же, как и для быстрых клавиш Window, но с большим количеством возможностей. Но что касается ОС, то он должен знать, что находится в файле, а не то, что в его названии