Как настроить DNSv6 в локальной сети без доступа в Интернет?

Ваш скрипт не содержит никакой команды для установки текущего каталога, поэтому он запускается в том же каталоге, что и вызванный им процесс. Когда он выполняется из rc.local, который выполняется из init, текущий каталог является корневым каталогом /.

Добавьте cd /direc/tory/ в свой скрипт. Кстати, обратите внимание, что #!/bin/sh (#!bin/sh работает здесь только потому, что вы выполняете свой скрипт из корневого каталога, это очень плохая идея, чтобы полагаться на это.)

#!/bin/sh
set -e
cd /direc/tory
wget "http://somesite.org/someJava.jar" -O someJavaFile.jar
java -d64 -Xincgc -Xmx512M -jar someJavaFile.jar

Я также добавил set -e в сценарий. Это заставляет его останавливаться, если одна из команд выходит из строя. Например, если wget не может загрузить банку, тогда java не будет выполняться.