Логические разделы существуют для преодоления ограничения MBR (Master Boot Record), который разрешает только 4 "физических" (IE не логических) раздела. Нет никакой разницы в работе между логическими и физическими разделами.
Возможно, лучше использовать логические разделы, поскольку это позволяет создавать более 4 разделов в будущем. 1 группа логических разделов занимает одно физическое пространство, но может содержать лоты (не знаю предела) логических разделов.