Я использовал:
Exec=/home/paul/anaconda3/bin/jupyter notebook --notebook-dir=~/Notebook
Как было предложено в комментарии PaulDong, но у меня были проблемы с попыткой добавить путь к PYTHONPATH.
Теперь я использую следующее (на Ubuntu 16.04):
Я создал файл jupyter_.sh (в /home/usr/) со следующим:
#!/bin/bash
# OPTIONAL - add to PYTHONPATH
export PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/path_to_add/
# start notebook at the desired folder
jupyter notebook --notebook-dir '/path_to_notebooks/'
И у меня есть Jupyter.desktop файл с:
[Desktop Entry]
Version=1
Name=Jupyter
Comment=Open jupyter at different dir
Exec=bash -c "~/jupyter_.sh"
Icon=/home/usr/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/anaconda_navigator/static/images/jupyter-icon-1024x1024.png
Terminal=true
Type=Application