Вы можете создать скрипт, который запускает skype при запуске, а затем закрывает его «изящно» с помощью wmctrl -c. В моем собственном scrypt я делаю что-то вроде этого:
#!/bin/bash
skypeforlinux &
wmctrl -c Skype ; sleep 0.5
wmctrl -c Skype ; sleep 0.5
wmctrl -c Skype ;
etc...
В некоторых случаях skype требует времени, чтобы открыть, поэтому я использую несколько команд с задержкой wmctrl. Конечно, вы должны сделать исполняемый файл сценария, используя chmod u+x [SCRIPT_FILE], а затем добавить его в список автозагрузки. Также я использую приятную программу devilspie, чтобы переупорядочить все мои окна при запуске, как я хочу.