Вы можете настроить глобальный ярлык в самом приложении.
Запустить yakuake. В своем меню (в моей теме маленький треугольник между «pin» и «close» в нижнем правом углу) вы сможете выбрать запись «Configure Shortcut ...»
Здесь вы будете (по умолчанию клавиша F12)
То же самое для других приложений KDE, насколько я вижу, вы можете выбрать глобальный ярлык из самого приложения.