У вас есть вкладка панели инструментов Unity Tweak Tool и проверьте уровень прозрачности, если его значение равно нулю, затем попробуйте переключиться на другую тему, а затем вернитесь к теме атмосферы и проверьте результат.
Я думаю, что этот отчет об ошибке на Launchpad может быть связан с вашей проблемой; проверьте это, и, если вы уверены, что это связано, расскажите в комментариях, что проблема может повлиять и на Ubuntu 11.10. Это сообщение об ошибке: