Nautilus запускается только как пользователь root

Вы можете отключить эти автоматические резервные копии, перейдя в «Редактирование»> «Установки» и сняв флажок «Создать резервные копии файлов» перед сохранением опции на вкладке «Редактор»:

Альтернативно , вы можете использовать терминал для перехода к каталогу, в котором вы сохраняете свои файлы, и удалять файлы резервных копий с помощью rm *~.