Я считаю, что это, вероятно, аппаратная проблема с вашей видеокартой. Иногда оболочка зависает, когда mutter не нравится ваш графический драйвер. Сообщайте об ошибке в GNOME bugzilla, чтобы разработчики могли найти обходное решение.
С другой стороны, технология для GNOME Shell по-прежнему немного незрелая, и пробег будет отличаться. Сообщение об ошибке, связанной с вашей проблемой, должно помочь им улучшить ее.