Если вы не хотите снова редактировать свою конфигурацию и хотите использовать ее с /etc/i3/config, вы можете скопировать этот файл в ~/.config/i3/
Просто введите терминал: cp /etc/i3/config ~/.config/i3/config
Убедитесь, что эти каталоги доступны, набрав: mkdir -p ~/.config/i3/