Показывает ли a2query -s что-то? Он должен включать список сайтов. Обычно параметр site-config должен находиться под /etc/apache2/sites-available/site.conf, символически привязан к /etc/apache2/sites-enabled/site.conf, если сайт включен.
Возможно, функция phpinfo(); поможет вам
<?php
phpinfo();
?>
It информация о веб-сервере. В среде Apache раздела должен быть указан корень документа