Если вы right-click на любом из значков вашего первого изображения, он сообщит вам, где находится файл (ы). Вероятно, у вас есть тот же файл, хранящийся в двух разных местах.
file /path/to/cuda/bin/executable
I.e.,
file /home/user/cuda/bin/cudademo