Обновление с 11.10 до 12.04 обновляет (вручную) установку GRUB в GRUB2?

Это поведение по умолчанию.

Вы можете взглянуть на пакет iptables-persistent, чтобы автоматически устанавливать правила iptables при запуске из файла конфигурации.