quickly должен поддерживать переменную окружения EDITOR.
$ quickly help ubuntu-application edit
Usage: quickly edit
A convenience command to open all of your python files in your project
directory in your default editor, ready for editing.
If you put yourself EDITOR or SELECTED_EDITOR environment variable, this latter
will be used. Also, if you configured sensible-editor, this one will be
choosed.
У меня нет никаких других IDE-интерфейсов GUI, но я протестировал их с помощью $ export EDITOR=nano && quickly edit, и все файлы были открыты в nano вместо gedit. Добавление export EDITOR=nano к вашему ~/.bashrc должно сделать это изменение постоянным.