У меня была аналогичная проблема, и это было вызвано чем-то в брандмауэре. В конце я добавил часовое задание cron, но добавил аргумент -u в ntpdate, чтобы он не использовал стандартный порт.
Моя проблема была вызвана тем, что Ubuntu фактически не проверял работу ntpdate, но автоматически предполагал, что он будет работать.