На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Я использую Kubuntu 13.04. Как отформатировать USB или внешний диск?
Используйте gparted, как в этом как . Но не используйте FAT32, иначе у вас будет ограничение на размер файла 4 ГБ. Вместо этого используйте NTFS.