Есть много таймерных апплетов, которые находятся на вашей панели

timer-applet

Или попробуйте gDesklets

timer-applet [!d2 ]

Если у вас есть KDE, вы можете использовать kteatime и Ktimer

ktimer

Если вы хотите секундомер, вы можете скачать его здесь