Я предпочитаю Okular, средство просмотра документов, сделанное для KDE. Он имеет функции, включая закладки и подсветку.
Он доступен в основном репозитории ubuntu и может быть установлен на простой установке Ubuntu для ванили; kubuntu не требуется.
Чтобы открывать epubs с помощью okular, вы также должны установить пакет okular-extra-backends.
sudo apt-get install okular okular-extra-backends
Кажется, что терминал gnome (я полагаю, это то, что вы используете) имеет некоторую конфигурацию шрифта в настройках, которая добавляет оттенки, потому что это единственное отличие, которое я могу сказать из изображений.