Я хочу, чтобы в Ubuntu была настроена аппаратная конфигурация, чтобы светодиодный индикатор флеш-накопителя мигал.
Это в большинстве случаев связано с аппаратным обеспечением и не может быть сконфигурировано с помощью программного обеспечения, Ubuntu не имеет к этому никакого отношения.
Если вы хотите отключить светодиод от корпуса компьютера, просто отсоедините провод от материнской платы, который загорается, так же, как мы говорим о корпусе внешнего диска.
От ручки USB нет много вариантов для этого, может быть, убить его в электронном виде?