Проблема была вне моего ПК. Сегодня я решил переключиться на другой ethernet-сокет, и произошло волшебство: внезапно были исправлены все сломанные URL-адреса (почему я не сделал этого позже ...). Кажется, проблема в коммутаторе. Вопрос закрыт.
Я не могу найти простой способ получить nautilus, чтобы рассказать вам об этом. Однако есть и другие способы узнать.
В Ubuntu 12.10 «фактический путь» находится под /run/user/USERNAME/gvfs. В 12.04 я думаю, что это было в /home/USERNAME/.gvfs (невидимо, если вы не проверите View->Show Hidden Files в nautilus). Имена папок внутри этих каталогов выглядят как smb-share:server=servername.local,share=volume_1.