На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Случайно удалил всю папку / usr. Могу я его восстановить или отремонтировать?
Если у вас нет резервной копии системы ...
Это должно оставить все специфическое для пользователя нетронутым (включая настройки) и переустановить все отсутствующие файлы, но это всегда сложно, поэтому резервная часть.