Вместо использования dconf-editor вы можете использовать gsettings из командной строки.
См. все параметры (ключи) в схеме Deja-Dup и их конфигурации:gsettings list-recursively org.gnome.DejaDup
Изменить клавиши : gsettings set SCHEMA [:PATH] KEY VALUE
Например: gsettings set org.gnome.DejaDup include-list ['$HOME']