Вы можете установить пакет pidgin-skype из Ubuntu Software Center, который (несмотря на название) позволит вам использовать Skype как в Empathy (Ubuntu по умолчанию IM-клиент), так и в Pidgin.
Из Описание пакета:
Этот плагин взаимодействует с приложением Skype в фоновом режиме для выполнения своей работы, поэтому необходимо установить и запустить Skype. Этот продукт использует Skype API, но не одобрен, не сертифицирован или иным образом не одобрен Skype.