12.10 на Elitebook 8560w с WUBI

Я бы предложил использовать rsync для этой цели. Rsync чрезвычайно быстрый, стабильный и универсальный. Есть хорошее введение в http://help.ubuntu.com/community/rsync

Если вы хотите, есть дополнительный графический интерфейс: grsync

 sudo rsync -azv --exclude 'dir1' /home/path/folderA/ /home/path/folderB

Команда выше будет копировать из папкиA в папку B, исключая dir1. Флаги

-a preserves time stamps
-z is to enable compression
-v verbose

Доступно еще много опций