Моя ситуация была немного иной, но я считаю, что ответ может быть полезен здесь.
Я использую ubuntu 16.04; стандартным приложением для открытия файлов .tex был RStudio (т. е. при двойном щелчке по файлу tex он был открыт в RStudio). У файла kile.desktop уже был финал Exec=kile %F. Чтобы открыть файл foo.tex с помощью kile (или texmaker), мне пришлось щелкнуть правой кнопкой мыши и выбрать open с помощью.
Постоянное решение изменить программу deafult для меня было:
[d3 ] открыть файлы правой кнопкой мыши по файлу .tex перейти к Properties перейти к Open With нажать Texmaker (или Kile) и нажать set as defaultЯ не знаю, как это сделать в командная строка.
Была та же проблема, но NOHUP не работал. Проблема была вызвана X forward на моем SSH-соединении: https://forums.virtualbox.org/viewtopic.php?f=7&t=76342
Отключено X вперед, а затем & amp; и nohup, где работает штраф