где гном-до хранит свою информацию

Хранит его состояние в нескольких местах:

~/.local/share/gnome-do - это место, где хранится его постоянное состояние - элементы, которые вы часто используете, и любые локально установленные плагины.

Хранит конфигурацию в gconf, под пространством имен /apps/gnome-do. Вы можете возиться здесь, используя gconf-editor.

В человечности конфигурации находятся по умолчанию в этой папке

~/. [programname] (~/.do или ~/.gnome-do)

и возможно история также (или указан в конфигурации),

править: Если Вы не видите, что файлы запускаются с точки (скрытые файлы/каталоги), Вы нажатие kann

CTRL + H

в наутилусе